袁世凯还因此而通告全国“专使到时，决意南下，组织联合政府，统一南北，用慰国民之厚望。今遇此变，实行维艰，公等幸谅。且驻京外交图案及吾国驻外各代表等，均云方今欲巩固民国，保全共和，舍速建设统一政府，别无他法。想全国心理，均表同情，因兹事变，南行无期，组织政府，势必从缓，凯实焦灼万状。”
紧接着，北京商民强烈要求，坚决反对迁都南京。有人到欢迎代表处请愿，他们是真怕了这当兵没人管束，更加帮了袁世凯的大忙。
袁世凯建议由副总统黎元洪赴南京代受职权，黎元洪复电不能前往。
为了做通南京方面的工作，他还派出几个人到南京，分头去做疏通工作。亲身感受到北京民众的强烈呼声，本来是专程来接袁世凯的专使蔡元培等人，现在反过来为袁世凯说话，反复做南京参议院和孙中山的工作。
孙中山感到再坚持下去未免理亏，也只能同意袁世凯在北京受职。
三月六日，南京参议院通过了统一政府组织办法六条的决议。
（一）由参议院电知袁世凯，允其在北京受职。
（二）袁世凯接电后，即电参议院宣誓。
（三）参议院接宣誓电后，即复电认为受职，并通告全国。
（四）袁世凯受职后，即将拟排国务总理及各国务员姓名电告参议院，求通过。
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