而曹友义则会转任新成立的大元帅府军器卫指挥使。这个军器卫是在原属军政卫的军工和武库等部门基础上升级而来的，下设造炮司、造铳司、造船司、武库司和采买司等四个司。
前面三个是分管官办兵工厂和造船厂的，其实就是管理一些官办国营的手工工场。不过这些工场并不是用来进行大规模生产的，而是用来培养工匠和武器试制的。花高价从濠澳、佛山、石井、安平请来了经验丰富的老师傅，让他们带着朱慈烺的“义从工匠”和少年学徒打造火炮、火铳和船只。产品主要是仿造洋枪、洋炮和洋船。朱慈烺有时候也会拿出一些“异想天开”的设计让他们去打造。
另外，朱慈烺还让十大皇商选派了管事参与这些官办工场的经营管理目的是让他们熟悉兵工厂、造船厂的运作。以便将来扶植皇商们开办商营的兵工厂和造船厂！
没错，朱慈烺的军工路线就是保持官营，发展商营，鼓励竞争。说得简单一点，就是走万恶的资本主义路线！
路线当然是坏的，但是也没办法。这年头连蒸汽机都没发明，也就不存在什么大工业了。哪怕是西洋英吉利国的军工，也是一个个手工作坊。因为没有机器工业，都是手工活儿，需要认真负责的工场主亲自把关品控。所以数量众多的私营工场互相竞争，就是保持效率和品质的方法之一。
仅仅是之一，还有一个办法也能保持质量，那就是严刑峻法！用赫连勃勃打造统万城和大夏龙雀刀的办法整治工匠可问题是，朱慈烺上哪儿找那么多挨刀的良匠？
大明的官办手工业早垮台了，匠户制也名存实亡，而且朱慈烺还准备彻底废除这种给老百姓规定职业的户籍制度。现在掌握在朱慈烺手中的匠人，不过就是从天津跟随来的“义从工匠”，他们的手艺都挺糟糕的，杀光了也没办法打造出质量上乘的枪炮。
而手艺高明的铁匠，现在不在广东就在福建，而且都是私匠，没有官匠。所以朱慈烺就只能在军器卫下设立了采买司，负责兵器的采买和验收了
在将军工生产、采买和武库管理等职能划入军器卫的同时，朱慈烺还将军政卫余下的部门，全部并入了隶属内阁的兵部。
这可不是要扩大文官的职权，而是对内阁的又一次改革，目的是打通军政两方面的联系，并且理清军政职权，让内阁可以在一定程度上参与军务，同时也打开军官进入内阁从政的通道。
因为在军政卫的部分机构并入兵部的同时，原任军政卫指挥使吴襄也进入了兵部，出任兵部尚书！而且原属军政卫的军屯、军籍、武官人事等部门，也都一并划入了兵部，同时又解散了原属于兵部的武选、职方、车驾和武库四司，重新组建了由武官管理的军屯司（负责屯田、屯粮和征兵）、军费司、军官司（军官人事）和马政司四司。
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