王恭心想：何参军，你是不是和他有仇啊？他乃名门之后，是顶天立地的战场猛将，你看他那又红又紫的脸，像是蝇营狗苟之辈吗？
于是设酒宴款待刘牢之，当着大家的面和他称兄道弟，并将手下精兵都交给他，让他做前锋，一定要给司马元显一个厉害瞧瞧。
谁知刘牢之一离开驻地就杀死帐和自己意见不一的主将并投降司马元显，同时命令儿子刘敬宣和东莞太守高雅之对王恭进行围追堵截。
王恭是连马都骑不惯的文官，内部反叛，猝不及防，走投无路，很快被押送建康处斩。
他临死前手抚胡须面不改色大义凛然地说：“我看错了人，才有今日之败，但我是忠于国家忠于社稷的！和我对抗的人不会有好下场的！”作为堂堂的国舅爷，死后司马道子命令官兵们兴冲冲地去抄他的家，发现家里既没有钱财也没有布帛，只有几摞书籍摆在那里。大家面面相觑张口结舌，在贪腐成风的东晋这真是破天荒第一个呀！
王恭死后，低级将领刘牢之代替王恭接管兖州等八个州的军事，一下子占据了王恭的显赫职位。桓玄等人看不惯了，率领部下到了京师，请求朝廷诛杀凶手刘牢之，还王恭以公道。
刘牢之听说后不敢怠慢，率着北府兵也奔赴京师示威，司马道子一看，这是要鱼死网破的阵势呀，便打呵呵说道：”人死不能复生。死了的已经死了，再打起来还会死更多的人。说来说去都是自己人，大家还是散了吧。”桓玄和刘牢之都不敢有令不从，于是先后退兵。
司马元显打败了王恭，看见父亲司马道子酒色无度弄坏了身体，整天病怏怏的，还每天喝的醉醺醺的继续放纵自己。于是想法让朝廷允许自己提前接班，出任扬州刺史要职，并让皇帝的弟弟司马德文做自己的司徒，准备在军事领域大展拳脚。
399年，司马元显下令强征江东八郡“免奴为客者”服兵役，这些人好不容易从官奴熬成了免税的荫客，根本不愿意上战场卖命，所以司马元显此举捅了马蜂窝，弄得人心惶惶，民怨沸腾。
孙恩的叔叔孙泰曾经为会稽王司马道子做事，后来成为五斗米道的教主，见王恭举兵对抗朝廷，他认为晋朝大厦将倾，于是借机举事，被人高告密被捕，让司马道子杀了。
孙恩躲在舟山群岛活了下来，一直想为叔叔报仇，今日看见百姓有骚动，便率领教徒闹事，各地被强令去当兵的奴客和广大破产农民纷纷响应；失去奴客的地主因也趁机煽风点火推波助澜，很快孙恩部众增加至数十万人。
百姓造反犹如森林失火，在开始火势小的时候还有熄灭的可能，于是朝廷急忙派兵想方设法剿灭。
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