40岁的贝德士强忍悲愤，逐日登记日军暴行并写信向日本大使馆提出抗议：
12月15日，安全区卫生委员会第二区6名清道夫，在鼓楼住处被日本兵毫无理由的杀害。
12月15日夜，7名日本兵闯入金陵大学图书馆，突然扑向7名女难民，其中3名被奸污。
12月14日夜，日本兵闯入中国人住宅，强jian妇女并强行带走妇女的事件不断发生。由此产生大混乱。
12月15日正午，日本兵闯入饷银巷路中国人住宅，拉来1名少女强jian，两小时后离去。
12月15日夜，3名日本兵闯入钢银巷路中国人住宅，强jian3名妇女。
12月17日，日本兵闯入汉口路中国人住宅，强jian5名少妇，并拉走3名妇女，其中两人的丈夫追上日本兵，但都被枪杀。
而就在中华民族经历这场血泪劫难的同时，文化珍品也遭到了巨大的掠夺。据查，日本侵略者占领南京以后，派出特工人员330人、士兵367人、苦工830人。从1938年3月起，花费一个月的时间。每天搬走图书文献十几卡车，共抢去图书文献88万册，过当时日本最大的图书馆东京上野帝国图书馆85万册的藏书量。
战后，据统计国际红十字会在南京城内外掩埋尸体总计43121具，南京红十字会收埋22371具，慈善机构崇善堂收埋112267具，慈善机构同善堂共埋尸7000余具，鸡鹅巷清真寺王寿仁以“南京回教公会掩埋队”名义掩埋回族尸体400余具。仅此5个慈善团体收埋尸体就达18。5万余具。另有中国平民苗芳缘、张鸿儒组织难民30余人掩埋尸体7000具；湖南木商盛世征雇工，收埋上新河地区死难者遗体28730具。
此外，日军支持的愧儡政权对尸体也进行了掩埋。如伪下关区公所在下关、三汉河一带收埋尸体3240具；第一区公所在城东南一带收埋尸体1233具；南京市政公署命伪卫生局于1939年1月收集中山门外灵谷寺一带遗骨3000具，葬于灵谷寺之东，立“无主孤魂碑”记录埋尸经过。
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