百济平定后，其国被分为五部，唐朝“以其地置熊津、马韩、东明、金连、德安五都督府，并置带方州”。五都督府下辖三十七州，二百五十县纳入唐朝版图。灭百济后，苏定方纵兵大掠，引发黑齿常之等百济遗民反抗，他围剿失利，所得二百余城陆续反叛，苏定方携左骁卫郎将刘仁愿受命率领一万名唐军并联合新罗王子金仁泰所率的七千新罗军，共同守卫熊津都督府城，自己则率百济国王、贵族九十三人和百姓一万两千多人等俘虏渡海凯旋。扶余义慈及扶余隆、扶余泰等五十八人被苏定方献俘于东都洛阳则天门。
至此，苏定方前后消灭三个国家，都活捉了他们的国王，前后获赏赐的珍宝无以计数，唐廷为庆祝攻灭百济，“赐天下大酺三日”，并加授苏庆节为尚辇奉御。
早在唐太宗时期，太宗李世民便数次进攻高丽，并一度御驾亲征，但因诸种原因，仍未达到灭高丽的最终目的，苏定方回国献俘后不久，高宗开始策划第二次征伐。高宗任命契苾何力为浿江道行军大总管、苏定方为辽东道行军大总管、刘伯英为平壤道行军大总管、程名振为镂方道总管，率兵分道进击高丽。又以萧嗣业为夫馀道行军总管，率回纥等诸部兵进军平壤。唐军作战部署发生重大变化，朝廷改命左骁卫大将军契苾何力为辽东道大总管、苏定方为平壤道大总管、同中书门下三品任雅相为浿江道大总管，统率大军及诸胡兵“水陆分道并进”，以讨伐高丽。
苏定方在浿江大破高丽军，屡战皆捷，于是进军包围平壤城，北线的陆路唐军进展却相对缓慢，高丽权臣渊盖苏文遣其长子泉男生率精兵数万，固守鸭绿江，唐军无法渡江，双方一直僵持到九月底。天气开始寒冷，鸭绿江水结成坚冰，唐军在契苾何力的率领下踏冰而过，鼓噪奋击，高句丽军大溃，唐军追击数十里，斩首三万级，其余部众全都投降，泉男生仅以身免。
正当契苾何力率领的北路唐军顺利推进，将南下与苏定方合围平壤时，漠北铁勒九姓发生了叛乱，回纥比粟毒与同罗、仆固进犯边境。高宗为平北方叛乱，只得召契苾何力、萧嗣业二人班师，此次突然事件，使得唐军南北合击高丽的战略部署落空，战争陷入了持久战。入冬后，高丽冰天雪地，气候及其它因素再次成为唐军进攻的羁绊。
此前，高宗让新罗王子金仁问回国“举兵相应”，新罗文武王亲率大军北上，欲与苏定方会师，但在瓮山城遭到百济残余势力抵抗，直到攻陷此城。其后苏定方催促新罗送粮，高宗也敕令新罗给苏定方军输军粮，新罗直到十二月才准备好军粮，由金庾信押运北上。由于新罗军士不至，粮道不继，唐军开始出现粮草、冬衣的补给问题，进攻的最佳时机已不复存在。
任雅相在军中病逝，沃沮道总管庞孝泰所率岭南水军五千余人，在蛇水被渊盖苏文击败，庞孝泰与其子十三人一同阵亡。新罗的军粮才被送到苏定方的军营，苏定方判断攻克平壤已不可能，遂解除包围，班师回国。
唐朝西北边境局势又告不安，吐蕃与吐谷浑互相攻伐，此后吐谷浑被打败，吐谷浑可汗慕容诺曷钵与弘化公主，率领数千帐部众放弃国土投奔凉州，请求移居唐朝内地。高宗任命凉州都督郑仁泰为青海道行军大总管，率领右武卫将军独孤卿云、辛文陵等分别屯兵于凉州和鄯州，以防备吐蕃，又任命苏定方为安集大使，“节度诸军”，为吐谷浑的后援。
苏定方去世，终年七十六岁，高宗在最初时尚不知情，等从他处听说了苏定方逝世的消息后，颇为悲伤痛惜，责备侍臣道：“苏定方对国家有功，按例应当褒奖封赠，卿等不说，致使死后荣宠未能及时颁下，言及于此，不禁哀伤悲叹。”立即下诏，追赠苏定方为左骁卫大将军、幽州都督，谥号“庄”。
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