六扇门；主要负责镇压江湖的不法之士。
检察院；负责清查不法官吏，交由法院审判。
检察院原本的吏部被划走，又把法院旗下的警部、六扇门划归检察院管理。以後检查院就专司清查汉军治下不法之事。
政务院下分为；纵横部、民部、工部、礼部、国土部、商部，兵部、吏部、
纵横部；负责汉军的对外事宜。
民部；负责编户齐民。
礼部；负责礼仪祭祀，开设书院。
国土部；负责收归土地，掌控矿山林木资源。
商部；负责民间商业往来。
兵部；负责招募兵源，以及退伍士卒的安置。
吏部；负责官员升迁的调查批覆。
政务院变化不大，不过倒是把吏部重新划归政务院，不过政务院的各部部长皆有面君之权，而且，玄yAn还规定，州府以上官员任命必须经过玄yAn批准。
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