就在这时，枫原万叶的友人向眼狩令的执行者九条裟罗发起了“御前决斗”。败者将面临神罚，胜者可赢取转机。裟罗在御前决斗中获胜，万叶的友人被处死，他的神之眼则被赶到天守阁的万叶夺走。
许多已经失去或者害怕失去神之眼的人，在海祇岛的珊瑚宫麾下组成了反抗组织，万叶曾在此短暂停留。三奉行之一的社奉行多次呈上反对眼狩令的文书，都被与愚人众勾结的天领奉行和勘定奉行否决。
将军对反抗军一事没有了解，了解的雷电影则默许了此事，她认为追逐愿望会让人失去更多，愿望是不利于永恒的东西。而愚人众的所为尚未构成对永恒的威胁，所以雷电影对此也是放任。
一年后，将军办第一百颗神之眼的狩眼仪式，在收取第一百颗神之眼持有者托马的神之眼时，被旅行者空阻止。目睹空的大胆行径，将军亲自出手击晕了空。正准备当众处决他，以示惩戒时，挣脱束缚的托马掷出的长枪来到将军面前。趁将军分神抵挡时，托马将空救走。将军看着两人仓皇逃离的背影，不欲再追，而是下达了对空的通缉命令，决定下次见面时再斩一刀
被稻妻通缉的空，现在唯有投靠珊瑚宫的反抗军才能扭转局面。空一路探查情报救下反抗军战士哲平，顺势加入反抗军大将五郎的部队。因为愚人众暗中利用反抗军将士实验邪眼，哲平等诸多将士死亡，愤怒的空冲入邪眼工厂，落入了散兵的陷阱之中，晕倒在地。
八重神子顺势介入局势，以神之心换回空的命。空是唯一进入过“一心净土”的人，这说明雷电影对空有着足够的兴趣。神子希望空能在“一心净土”中战胜雷电影，扭转她的意志，以此拯救雷电影和稻妻。
八重神子策反了天领奉行大将九条裟罗，让空能安全进入天守阁，再次见到将军，此时将军正在接见至冬国的使节愚人众执行官第八席“女士”罗莎琳·克鲁兹希卡·洛厄法特。新仇旧恨涌上心头，空向罗莎琳发起御前决斗，强行抹平了稻妻通缉犯和至冬外交使节之间的差距。
一番激战后，罗莎琳败在空的手下，按照御前决斗的规矩，败者将被将军处决。至于作为胜者的空，将军允诺让他站着离开天守阁。
空在昏昏沉沉之中，走出了天守阁。巧合的是，反抗军的众人已击破群龙无首的幕府军，来到了天守阁下。此时，将军忽然在空身后现身，一刀斩向他。眼看神罚即将落下，万叶随身携带的那枚神之眼空壳中竟然再度亮起雷光。
万叶挥刀迎上，直面并奇迹般地接下了那一刀。随后，受到万叶此举的激励，反抗军众人的压抑情绪被点燃，向将军发起了最后的冲锋。
而千手百眼神像上的神之眼，也随着它们曾经的主人的冲锋而亮了起来。可是空深知反抗军并非将军的对手，而且此刻或许是实施神子计划的好机会，于是他转身挥剑斩砍向将军，“一心净土”再次展开。
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