商奉行主管商人，监督商人们买卖，以及商税。
还有值得一说的是大目付，这个职位很重要，他负责监督幕臣以及各地大名，拥有弹劾之权，也有调查之权，但没有执行法令的权力。
这是中央幕政，另外还有围绕将军本身的设置，首先是旗本奉行，负责管理将军直属的精锐部队旗本武士队，这些人旗本武士都是有领地在五百石到三千石之间挑选出来的精锐，不仅能打，而且忠心。
其次还有侧近番，奏者番这些在将军身边服侍的人。另外还有町奉行，他们负责城下町的安全运作，同时还有新选组负责城内安全，必要时可参与城外防卫。
入选新选组的武士都是多方比武下挑选出来的精锐剑道高手，善于在狭小空间内作战。
而且新选组还有一个暗部，与岛津忠直设置忍者村差不多，主要负责御所内外的安全。而忍者村主要应对各地大名以及搜集军事情报的组织。
岛津忠直设置了幕政之后，将自己的家臣们召集起来，任命他们职务，而他的长子岛津辉忠也因为战功，被朝廷封为左近卫少将，岛津忠直直接让辉忠代他理政。
至于岛津忠虎混了个军奉行的同心众，官职为右近卫少将，至于岛津忠秀成为了新选组的首领，官职为左近大夫。
有了岛津辉忠理政，岛津忠直只需听取汇报就行，只有有重大事情的时候，岛津忠直才会出面处理。
因为岛津忠直灭了织田信长，朝廷这边也看到了岛津家似乎势不可挡，于是正亲町天皇特意赐予岛津忠直切兰奢待的待遇，以表心意。
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