可是，总统、总理之争，不是表面的，或是一件事情上让一点步就可以和缓。
在用兵方面，段的主张是武统南方，而冯和陆荣廷、唐继尧有交流，希望和南方和解。
在对四川用兵时，是平定四川内乱，从表面看是不得已而为之，两个人没产生太大的分歧。但是对湖南用兵不一样，于是，两个人的矛盾和冲突公开化了。
段派傅良佐督湘后，湖南旅京士绅要求政府勿在湖南用兵，他们向冯请愿，冯叫他们去问内阁。这就是明明告诉请愿的人说是段祺瑞要向湖南用兵，与我冯国璋无关。
刘建藩、林修梅在湖南宣布自主，内阁决定下讨伐令，冯认为这是小题大作，应该大事化小，所以冯便不肯在讨伐令上面盖印。
当湖南战事发生后，北京政府的讨伐令仍没有颁布。有人把当时的情势如此形容“段内阁对外（指对德奥）宣而不战，对内战而不宣。”
冯、段两人的暗斗，就是北洋派直系和皖系的斗争。这两系在军事上各有力量，各有地盘，可是他们也各有弱点。直系占有长江三省地盘，然而湖北、江西和江苏不相联结，并且因为地形分散而力量不集中，尤其是江苏更是处于皖系势力的三面包围中。至于冯国璋自己身居北京，也是在皖系势力范围内。
不过，皖系军人纸上谈兵的多，肯打硬仗的少，而且在用兵西南时，必须越过长江，要经过直系的地盘。直系地区虽然分散，却是皖系用兵西南必经的通道，所以段在征南军事上必须要取得冯的支持。
需要合作了，冯手里有了筹码，也就可以互相牵制了，于是，冲突也上台阶。
段的武力统一，军事征南都是要花大钱的，钱从何处来呢？只有借款一途。
当时因为欧战激烈，英法无力借款，日本遂乘机而入。段祺瑞这时亦想借日本的支持达到他征南和统一的梦想，因此他重用曹汝霖，请他兼摄财政总长。曹是著名的亲日派，段后来为国人攻击卖国，和重用曹有很大关系。
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