三月中旬，孙中山的代表伍朝枢和段祺瑞的密使周善培从北方到了香港，邓铿和总统府秘书长谢持由广州专程赴香港迎接。这次行踪除了粤军总司令部重要人物知道外，并无外人知悉。邓启程时，陈炯明曾亲自送到楼梯。
一九二二年三月二十一日傍晚七时，邓铿从香港返回广州，在广九车站下车。即将登上汽车前，忽然人群中响起了枪声。邓仲元身中两弹，一弹掠过腹部，微伤，另一颗子弹则贯胃部而出，重伤。
邓铿中枪负伤后第一时间仍想奋力抓住凶手，但是伤重不支，只好马上命令司机赶回省署。
见到陈炯明和家中亲人后，此时的邓铿已隐隐感觉到性命难保，遂告知后事“余才学不逮朱执信远甚，朱且先我而死，为革命党人，平日拼作牺牲，尔等无过伤也。天下不能容好人，付之叹息而已。”
二十三日四时不幸逝世，终年三十八岁，临终前叹息一声“好人难做”！
就是邓铿临终前的这些话，引发了后来人们的诸多猜想。
邓案发生后，政务厅长古应芬怀疑凶徒匿居香港，派夏重民赴港密缉，获知主谋者为陈炯明族弟陈远生嗾使黄某收买凶手谋刺，曾密报香港政府。
邓铿殉难消息传至桂林，胡汉民、许崇智、蒋中正均伤悼恸哭，
孙中山尤为悲怆，电陈炯明云“仲元遽以创死，伤哉！平日忠于国事，勇于奋斗，前途之望，正复无量！壮年遽殒，不止粤中惜此人才也。”
廖仲恺致蒋中正函云“仲元遽遭惨害，吾党健者又弱一个，吾侪与仲元相处逾十年，道义之交海内有几？追怀良友，辄复怆然出涕。渠生前至爱赣园，临终亦以执信为念。赣园适与执信墓相对，故拟卜葬于此，已电园主协和（李烈钧）借地矣。”
国民党方面一向说邓铿是被陈炯明指使人暗杀的，而陈炯明一派及驻穗美、英两国领事馆都认为，刺杀邓铿，是国民党内激进分子所为。
应该说，无论是陈炯明还是国民党，都没有理由杀害邓铿，最大的可能是邓铿得罪过的人挟私报复。
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