国民党人也纷纷电请南方政府大总统到福州组织政府。
但南方政府大总统坚持要先讨伐陈炯明，光复广东，清除后患，才能出兵北伐。
十月十七日，徐树铮、许崇智、王永泉进入福州。徐树铮便以“制置府”总领的名义，任命王永泉为“福建总抚”，统辖军民两政；并任命王永泉、许崇智、臧致平、李福林、黄大伟为建第一至第五军军长。
在此以前，南方政府大总统曾任命许崇智为东路讨贼军总司令，下设三军。由许崇智、黄大伟、李福林三人分任军长。
许崇智、黄大伟、李福林都不肯接受小徐的任命令，从十月二十八日起，改称“讨贼军”。
萨镇冰已于十月十五日就任临时省长。
照理说，所谓的福建总抚，应该是具有督军兼省长的性质。但是王永泉、许崇智等并不否认萨的省长地位，他们都参加萨欢迎他们的宴会。
这个时期的福建竟成为南方政府、皖和北京政府三种势力和平共处的地区。
十月二十四日，北京政府下令讨伐徐树铮，任命李厚基、萨镇冰为讨逆军总司令和副总司令，高全忠为闽军总指挥。
这个命令是在吴佩孚的一再催促下才发表的。
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