在末日计画开始之後，艾萨克博士特地安排了一场自导自演的偷窃计画，让同为保全主任的史宾斯盗取了早已放在那等後人偷窃的Ｔ病毒与假解药，而且还特地以制造混乱为藉口，哄骗史宾斯将一管Ｔ病毒打破。
好让末日计画在没有任何人察觉到的情况之下发动。
因为末日计画的缘故，红后在封锁蜂巢几个小时之後，便开始出现了重大的转变，她故意放一群顾佣兵进入蜂巢内部，并在感染病毒之後离开，然後又释放了大批的T1aN食者，让这些T1aN食者逃了出去。
最终使得拉昆市走向灭亡。
艾莉西亚虽然在这途中试图让红后做出相反的事情，彻底封锁做蜂巢，然而她所做的一切都只能是白工，末日计画被启动了。
Ｔ病毒已经扩散出去了
如果没有军长的出现的话，整个世界的人类必将迎来毁灭的道路。
知道这一切真相的艾莉丝，最终做出了决定，她决定释放真正的Ｔ病毒解药，哪怕在释放解药之後，她自己会因此丧命也没有关系。
於是她Si了，放在蜂巢内部的核子弹头爆炸了，保护伞公司也毁了，世界的时间轴也因为军长的警告改变了，所以最後艾莉丝的灵魂被带回基地了。
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