全村悲痛的事件过后，火影之位空缺。鸣人和自来也便去寻找同为三忍之一的纲手，让她登上火影之位，统领木叶。
而期间，名为‘晓’的组织也出现，并企图带走身体内封印着九尾的鸣人，不过却被自来也所阻止。而且，佐助也见到了当初把宇智波一族灭门的罪魁祸首——他的亲哥哥宇智波鼬，即使想为族人报仇，但却技不如人。
后来，纲手回来木叶，并成为第五代火影。
再后来，13岁的佐助离开了木叶，为了力量而前往大蛇丸的所在地，踏上了复仇的道路。
鸣人他们立刻去追，而且风之国的我爱罗、手鞠和勘九郎也前来帮忙，帮忙拦下了大蛇丸用来护送佐助的手下。
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