在他离开后，佐拉博士带着残存下来的九头蛇加入到战略科学军团，开始的时候还好，但在神盾局这个庞大的部门成立后就出现问题了。
nazi-hydra，也就是红骷髅所创造的九头蛇只不过是红骷髅追随历代九头蛇理念创立的，并非正统的九头蛇，除此以外，还有许许多多个九头蛇分支。
这些分支在得知佐拉博士领导的nazi-hydra九头蛇组织即将掌握神盾局的时候就眼红了，不少分支试图从佐拉博士手上获取权利。
这些无礼的要求都被佐拉博士拒绝了，只是这些九头蛇分支并不是好惹的，更不要说佐拉博士仅仅是一个科研人员，并不擅长组织发展。
再加上佐拉博士是听命于叶思雨的，除了挂着一个九头蛇的名字外，与九头蛇没有多大瓜葛
在nazi-hydra九头蛇加入战略科学军团后他就一直专心于科研以及等待叶思雨的回归，对于权利什么的并不怎么关心，所以那些九头蛇分支就联合那些同样不喜欢佐拉博士领导得到九头蛇成员趁虚而入。
将原本属于佐拉博士的权利全部夺取过来，要不是叶思雨在离开前给了佐拉博士一些保命道具，他可能会丧命于这一次夺权危机之中。
遭遇了这一击危机后，佐拉博士就带着残存的部下隐藏起来，如非必要都不会离开基地，而是专心致志的留在基地为叶思雨的回归而做准备。
“这些都是值得的，首领万岁！”，佐拉博士神情火热的说道，现在叶思雨回来了，那些九头蛇分支都不会是他们的对手，所有的一切他们都能够重新拿回自己手中。
“佐拉博士，为何我离开前给你的人工智能会在神盾局总部？”，在了解了一些大概情况后，叶思雨就询问出自己的疑惑。
要知道子系统是他给了佐拉博士的，现在子系统却在神盾局总部，这不得不让他感到疑惑。
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