然而，圣城耶路撒冷收复并不是战争的结束，而是仇恨的开端！
由于对异端教徒的极度痛恨，十字军在进城后展现了他们血腥的一面。无数的居民被他们从家里拖出来，无论抵抗与否，无论男女老幼，都止不住他们屠刀落下的决心。
“我们成功的收复了耶路撒冷，并且屠杀了城中的异教徒，我骑马走在尸体狼藉的街道上，鲜血染红了马的膝盖，无论是屋顶还是水沟，随处可以看到妇孺的尸体……”
这是一名十字架的首领写给教皇的信，其中的文字令人触目惊心。
他们在杀戮中高呼正义，他们在尸体里摸扒寻黄金。
大约有七万名平民死于这场屠杀当中，这场声势浩大收复的战争也因此被定性成了一场不义之战。
在旁人的眼里，他们更像是强盗而非信徒，他们更像是恶魔的走狗，而非上帝！
这件事情给所有人敲响了警钟，有了屠城的前科，反抗的声音空前的热烈。失去了民心的十字军，征伐之路变得举步维艰。
虽然他们的信徒广泛，虽然他们利用拜占庭帝国的内外纠纷，一度扳回了优势。但在信奉教的各国的坚定反抗之下，这场跨度长达两百年的大战最终还是以十字军的失败落下了帷幕。
此后，教廷的统治力渐渐下降，由台前转到幕后。
虽然中期还出现过一阵子将异教徒认定为女巫，绑在火刑柱上烧死的狂潮。但随着思维的解放，人类也不再迷信那些并不过多干扰世间的神明。封建时期的“君权神授”思想逐渐被无神论所取代，那些如同疯子一般的狂信徒也随之淡出了人们的视野。
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