美里：但你还是没说理由啊，难道...
真嗣：我之所以这样，的确是因为她，和她在一起总是觉得很温暖。我也不想她受伤，所有才自告奋勇的代替绫波做为三号机驾驶员的。
美里：这样啊。
真嗣：好了，时间不早了，也该上三号机哪了，不过我还想抱怨一句，三号机全身没有一点红与绿，为什么作战服配色设计红配绿，就算作战服是红配绿，那为什么头部接收器却是全绿啊！他们就缺这点钱吗！一点红都不加！
通话结束后，明日香便离开了。
真嗣坐上了三号机，神经连接无异常，一切正常。但是当真嗣睁开眼时，原本的插入栓内部突然变黑，操纵台消失，周围从黑变成红，里面充满了诡异的笑声，而插入深度超过100，精神污染浓度到达危险范围，三号机随之暴走。插入栓深度过高，驾驶员失去意志，实验中止，强制切断与EVA的连接。三号机内部突然发出高能量反应，检测类型为蓝色，是使徒。
三号机挣脱了束缚，引发爆炸，消息立刻传的了NERV那边，立即派出EVA应战，而三号机也在往NERV这边前进。碇源堂到达NERV，下令全员启动一级战斗准备，让初号机配备傀儡系统出发。
明日香坐上了初号机前往指定地点待命，明日香也开始担心起真嗣和美里了，而这次的作战指挥由碇司令亲自指挥。过了一会，使徒到了能够拍摄到的区域后画面转接到了总部主屏幕，随后活动停止的信号，强制弹出插入栓，但是插入栓被锁住了，无法弹出，周围有类似核心的侵蚀部分。碇源堂下令直接舍去EVA三号机，将其定为第九使徒。
使徒快要到底初号机的待命地点了，明日香在远处看到了使徒，夕阳之下，使徒的身影缓缓靠近。
明日香：这是使徒？
碇源堂：对，这是我们的敌人。
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