明日香：说是使徒，可这不是EVA吗，怎么会。
碇源堂：目标正在接近，你要做的就是打倒它。
明日香：但，就是这样，真嗣不还在里面吗。
使徒接近了初号机，两台机体相隔一段距离对视着，使徒张开了嘴咆哮着，只见使徒一个后蹬起跳踢向初号机，手上的步枪直接被踢碎了，还把初号机踢飞老远了。初号机扶着一旁的小房屋站起，使徒的手臂一甩变得巨长，直接掐住了初号机的脖子摁倒在地上，初号机抓住使徒的手反抗着。
明日香：真嗣！快醒醒！是我啊！
而在三号机插入栓内的真嗣完全听不到任何外界的声音，使徒肩部的拘束器装甲被弹开，长出了一对新的手臂控住了初号机的手，让其无法反抗。使徒手臂溢出不明液体侵蚀初号机，短短几秒就侵蚀到了6300层左右，导致初号机的at立场无法完全释放，生命维持系统也出现故障。就在这时，傀儡系统自己启动了，切断驾驶员连接，操纵台强行锁住驾驶员手部。
冬月：什么！明明没有下令傀儡模式居然自己动了！
碇源堂：这八成是seele动了手脚，想要杀死初号机原驾驶员。
傀儡系统启动后不管是插入栓内还是在NERV总部里都无法管理系统的运行，随后系统解放，开始了攻击。初号机的眼睛发出红色亮光，张开了它的血盆大口，一下子就挣脱了使徒的束缚也掐起了对方的脖子。在傀儡系统的辅助下初号机变得十分强大，一下子就把使徒的脖子掐断了，使徒掐着初号机的手也停了下来。但傀儡系统没有停止攻击，因为系统设定为将使徒完全消灭，此时的三号机已经被使徒完全侵入，所以必须见三号机毁灭傀儡系统才会停止。初号机把使徒甩到一旁的山坡上，不断撕扯着使徒身上的三号机装甲，血液也四处飞溅，将大地，房屋，河流染红。
使徒的头被初号机一拳打爆，血液喷涌而出，染红了初号机的手，初号机发出野兽一般的咆哮，啃食着使徒的内脏，现在的使徒已经被肢解的只剩下一些骨架和被啃食掉的一些内脏，初号机咬起插入栓，初号机里的明日香听到钢铁扭曲的声音后想要阻止初号机，但是没有，初号机一口咬下，插入栓里的LCL喷出，真嗣生死不明，初号机也停止了攻击，跪在地上，咬着断了的插入栓，黄昏落日照着这一场景。就这样，三号机在众人的面前被残忍消灭了。
第二天，工作人员回收了三号机的残骸和插入栓。在隔离室里一个十字架样子的容器连接射许多试管，中间写着“实验体-”的字样。
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