四旗分二十八翼，每翼分左右万户。
十个正户加上若干副户和赡户，组成一甲户。十甲户组成一百户。六到八个百户，组成一个千户。五到六个千户，组成一个万户。
甲户为本甲户之首，其余资深正户充任披甲、先锋、旗手，以为甲户副职，负责本甲户的军事训练、赋税民政。
战时充任班长，资深甲户可能被任命为排长。
百户为本百户之首，左右佥事官为其副职，左佥事负责军务治安，右佥事负责民政庶务。战时百户充任连长。
千户为本千户之首，左右录事官为其副职。战时千户充任营长，资深千户会被任命为团长。
万户为本万户，左右长史为其副职，分工皆如佥事。战时会被任命为师长。
初设四旗时，人手紧张，有的百户、千户和万户，直接兼任左佥事、左录事和左长史。随着灭夏平辽以及其它诸多战事后，因功被擢升的人越来越多，人手充裕起来。于是百户、千户、万户就回归本职，有人专职担任左右副职。
但是不能让百户、千户和万户闲着，有职无权，显得不值钱。于是天启十三年对四旗制度进行了改进。让百户、千户、万户担当起无比重要的“裁决”之责，拥有司法权。
所有的民事、刑事审判，全部交给百户、千户和万户直接处理。但是司法之职十分繁琐，又关系重大，朝廷不会让百户、千户和万户肆意妄为，破坏苦心建立起来的大宋司法制度。
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