如同段祺瑞的心腹徐树铮所说：“我北军权势消长，与日本寺内内阁利害相通。”日本政局虽有变更，然“扶持我派宗旨，始终不变”。
与此同时，日本政府建议中日合办凤凰山铁矿，中日各投资二千五百万万元，中国资本可以由日本代垫，并提出在浦口建立钢铁厂，聘用日本技师，以陆宗舆为督办。
这个消息首先由北京的英文《京报》登出来，段派军警逮捕了《京报》主笔陈友仁，接着把《京报》查封。
这一来，便成了一件中外轩然大波的事件，各方遍传：“中械将由日本管理，所有各省兵工厂、煤铁矿亦由日本控制。”
于是全国人民和各种团体，一致反对军械借款和凤凰山采矿合同，要求段内阁宣布真相。同时美国公使抗议中日军械借款，亦要求公布凤凰山采矿合同，英国公使则认为长江流域是英国势力范围，不能容许日本染指。
段认为这个秘密条约是总统府方面故意泄漏的，同时坚信冯国璋有意推波助澜，纵恿反对。
因为就在此时，江苏督军李纯在南京召集了秘密军事会议，会议结果，不但提出了取消军械借款的要求，还提出了改组内阁的要求。
他们认为内阁中有亲日分子，所以需要改组。
不止是江苏督军李纯在反对，直系的其他督军如：江西督军陈光远、湖北督军王占元都电请政府明白表示。
十月二十八日，段内阁和日本方面拟订了凤凰山开矿草约。
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